O INSTRUMENTO PÚBLICO DE EMANCIPAÇÃO DO MENOR, POR CONCESSÃO DOS PAIS, TEM QUE SER REGISTRADO NA JUNTA COMERCIAL ?

Sim.

Portanto não basta apenas qualificar o menor como emancipado, ou anexar mera comprovação, por exemplo, por cópia reprográfica autenticada em cartório.

Tem que registrar também o ato de emancipação em processo próprio (artigo 976, caput, do Código Civil).